středa, ledna 17, 2007

Flash Element TD- optimal strategy hunt

And what's your strategy?;)

Found this game about 2 days before and the top score was about 30 000 or so.

Today: even with 60k the leaderboard is too small for you. The highest score I've seen was over 4M and this guy died in the 7th level:)

All the guys reaching 1M+ died in a few first levels or so. In fact just now there is a guy on the leaderboard who died in a second level and his score is 1,237,654-it means that there should be some strategy for fast top score earn...maybe just bug but this game is so great because of just trying to reach the top score and any trick or strategy or cheat or hack is fair-play...and I really like this way of competing with other people.

I started with 2k score. Than i found aout that saving money is realy necessary for my future.
So then 10K with fire & water towers or combo & water towers.

So cannon_only strategy:

-place first cannon in the bottom or top right corner-the best place, the other few on the same place, also exploit overlaping as much as possible
(anyway in the end there would be not enough place:)

-buy only canon;)

--for AIR LEVELS buy air towers and upgrade them twice-they are pretty efficient, don't forgot to sell all but one last before all the flying creeps die-you are receiving your interest immediately after the last creep died

-spend your wood only on upgrading interest income

-boss will always go through at least once-don't worry-lettim them go is i think better then buying extra towers and then immediately selling them

-no chance in the last level: creeps are pretty smart and due to gaps between them, cannons splash is useless..so just die enjoying your high score(most of the guys on the leaderboard died in the 39th level dying will not influent your score)


The limit of this strategy should be at least 100k when accurately played. I tried it just once and so made a lot of mistakes.



An overcreeped and overcannoned picture:





And an unhappy picture:


sobota, října 01, 2005

Clathrin: samoorganizací trojramenných hvězdic vzniká fotbalový míč

Klatrin(clathrin) je moc pěkná ukázka samoorganizace: z trojramenných bílkovin(triskelionů) se sestaví klec tvořena pěti- a šestiúhelníky. Tedy struktura stejná jako fotbalový míč a tím pádem taky fulleren C60(tvořen 60 uhlíky).Bílkovina Klatrin se podílí na endocytóze- pomáhá vytvářet vezikuly: váčky, které „vypučí“ a oddělí se z cytoplasmatické membrány a poté putují se svým obsahem na místo určení.


Malé molekuly se do buňky dostanou difůzí skrz cytoplasmatickou membránu ovšem například hormony ale i viry pronikají ve váčku, který se právě v procesu endocytózy oddělí od cytoplasmatické membrány.


V počáteční fázi jsou trojramenné bílkoviny, podjednotky budoucí klece uvnitř které se bude nacházet váček jenž vypučel z cytoplasmatické membrány, nespojené. Jsou pravděpodobně volně rozpuštěné ve vnitřním prostředí buňky. Po určitém podnětu(pokud se trojramenné bílkoviny izolují, je možno v laboratorních podmínkách zahájit jejich skládání například změnou pH ) se podjednotky začnou vázat na vnitřní stranu membrány buňky, na místo, kde je na opačné(vnější) straně membrány látka nebo objekt, který má být endocytózou pohlcen. Triskeliony netvoří ale plochou nýbrž kulovou síť a jelikož jsou pevně navázané na cytoplasmatickou membránu, ta se vchlipuje a svým tvarem sleduje tvar tvořící se klatrinové koule(fotbalového míče). Po spojení 36 triskelionů je koule kompletní.






Po vytvoření kulového měchýřku se klatrinové lešení kolem něj nazpět rozpadne(aby mohly měchýřky splývat navzájem nebo s membránami buněčných organel) na jednotlivé triskeliony.














[Skvěle je vidět krásný tvar triskelionu i jeho skládání na tomto 3,87MB videu(quick time movie) – právě kvůli tomuto videu mě klatrin zaujal]


Zdroje:
Come in, you’re surrounded
Clathrin coat at 21 angström resolution(pdf)
Chemie fullerenů(pdf)

sobota, září 24, 2005

DNA kreslí fraktály

Na základě několika mála základních vlastností DNA mohou povstat samoorganizací (např. při obyčejným smísení ve zkumavce) složité prostorové uspořádání: ať už jen útvary např. tvaru X nebo dvojrozměrné vzory a to dokonce v podobě obrázku fraktálu:)



(Molekuly DNA jsou tvořeny vlákny, ty se skládají ze 4 druhů bází(adenin, cytosin, guanin, thymin) za sebe navázaných do lineárního řetězce. Tyto báze, začleněné do vláken, mají dále tu vlastnost(jde vlastně o jejich tvar), že adenin se přednostně páruje(váže, ovšem slabými nekovalentními vazbami) s thyminen a guanin upřednostňuje cytosine. Toto uspořádání se vyskytuje v naprosté většině případů- natolik je jednoznačně energeticky výhodné. Dvě takováto vlákna se k sobě snadno naváží, jsou-li jejich báze komplementární po celé jejich délce a vzniká tak dvoušroubovice DNA

Dvě molekuly dvouvláknové DNA se mohou k sobě dále vázat pomocí tzv. lepivých konců(sticky end): pokud se obě vlákna v dvojvláknu svou délkou nepřekrývají, tedy na koncích nejsou spárována, mohou se tyto konce párovat s konci jiných vláken a tak tvořit větší i nelineární seskupení.)

Kříž respektive X
Není obtížné navrhnout 4 úseky DNA(pořadí jejich bází) tak, aby se samy po smíšení uspořádaly v 4ramenný kříž(viz obrázek níže-a). Stačí aby 2. polovina prvního úseku(jeho bází) byla komplementární s 1. polovinou druhého úseku. 2. polovina druhého úseku komplementární s 1. polovinou třetího úseku, 2. polovina třetího úseku komplementární s 1. polovinou čtvrtého úseku a konečně 2. polovina čtvrtého úseku byla komplementární s 1. polovinou prvního úseku- a kříž je uzavřen(dále je potřeba aby byly komplementární právě jen tyto kombinace úseků DNA, aby nedocházelo k jiným uspořádáním). Bylo ale zjištěno že tento kříž ve skutečnosti(při obyčejných fyziologických podmínkách) zaujímá spíše tvar X a úhel mezi jeho rameny není vždy stejný, ale liší se v docela širokém rozmezí hodnot.

A je nemožné poskládat velkou strukturu s jednoznačně předpověditelným tvarem ze stavebních kamenů, které jsou samy tak trochu neodhadnutelné. K překlenutí tohoto problému byly vytvořeny určité „správně“ se chovající struktury(strukturní motivy)- prvně objevené je například dvojité překřížení(double crossover-DX) a trojité překřížení(triple crossover-TX).


[double crossover na obrázku jako (c) a tripple crossover jako (d)]

V takovýchto strukturách leží dvě nebo tři DNA dvojvlákna vedle sebe a jsou spojeny dalšími DNA vlákny tak, aby se nemohly navzájem zkroutit: viz obrázek(c, d). Tyto a mnohé další útvary, navržené tak aby byly stabilní a udržovaly si svůj tvar(rigidní) jsou již vhodné pro studování samoorganizace.

2D krystaly
Jsou to jednovrstevné(proto dvojrozměrné – jejich výška je zanedbatelná oproti jejich ploše) mnohomolekulární útvary složené z periodicky se opakujících strukturních motivů. První 2D DNA krystaly byly složené z „dvojitě překříženého“(DX) motivu. Každý DX motiv obsahoval 4 lepivé konce(nespárované úseky DNA vlákna). Ty se spojují svými 4 konci s konci 4 dalších motivů a to tak, že každý motiv se spojí jen jedním koncem s jedním okolním motivem(viz obrázek). Takto se tedy DNA uspořádaná do DX motivů pravidelně samoorganizuje.


Algoritmické 2D krystaly
Uspořádáním „trojitě překřížených“(TX) motivů vzniká také krystal, ten ovšem nevykazuje stejnou jednoduchou pravidelnost jako předešlý typ krystalu(složený z DX). Co tedy znamená to „algoritimické“? I samosestavování předešlého krystalu se řídilo nějakým algoritmem(předpisem) ale ne tak rafinovaným jako následující typ krystalu, takže mu tuhle vlastnost výzkumníci zdůraznili i v jeho pojmenování.

V roztoku jsou dva typy TX motivů: jeden označen číslem „0“ a druhý označen „1“ . (tyto dva motivy se navzájem liší sekvencemi svých lepivých nespárovaných konců). Dle obrázku jsou motivy v hotovém krystalu uspořádané do řad a každý motiv je reprezentován číslem: jedničkou nebo nulou. Řekněme, že první řada(samé nuly, uprostřed jednička) je daná předem(třeba sestavena výzkumníky ručně, molekulu po molekule)a představuje v podstatě vstup(zadání).


Jak se projevují rozdíly ve struktuře „0“ oproti struktuře „1“?
Ta struktura(motiv), která je označená nulou, se uchytí jen na takové místo v řadě, kde má v řadě pod sebou dvě navzájem stejné struktury: takže dvě „nuly“ nebo dvě „jedničky“. A „jednička“ se uchytí jen na takové místo, kde má pod sebou rozdílné čísla: tedy napravo „jedničku“ a nalevo „nulu“ nebo naopak.

Takže: pokud jsou na vstupu(v jedné vrstvě vedle sebe) dvě jedničky nebo dvě nuly je výstup nula! To v praxi v znamená, že do další vrstvy se z roztoku naváže „nula“ a krystal dle těchto pravidel dále narůstá.

Ale je ten rozdíl struktury „jednička“ a struktury „nula“ podivné definován, jen co je pravda, nebo ne?;)

XOR
Možná se vám zdálo, že to stejně má nějakou logiku. Má. Je to logická operace XOR. (když jsou na vstupu dvě jedničky nebo dvě nuly, výsledkem je nula. Když jsou na vstupu opačné hodnoty(1 a 0) výsledkem je jedna, jedničku je možno si nahradit hodnotou „pravda(true)“ a nulu jako „nepravda(false)“ , např v počítači jsou také součástky-hradla, které provádí úplně stejný „výpočet“: logické operace, vstupům v podobě jedniček a nul přiřazuje výstupy v podobě jedničky nebo nuly). A jedničky a nuly jsou opravdu reprezentace těch počítačových jedniček a nul: jednotek informace. Šipky ve schématu uspořádání tak představují směr toku informace.


Vzniká Fraktál
Pokud si tedy představíme, že třeba strukturní motivy DNA reprezentované nulou jsou černé a ty motivy reprezentované jedničkou jsou bílé, objeví se na dvojrozměrném krystalu obrázek:obrázek fraktálu!


(fraktál co nejednodušeji: je soběpodobný – jakkoliv fraktál zvětšujeme a pozorujeme ve větším měřítku, pozorujeme stále opakující se určitý charakteristický tvar(oproti třeba oblázku, kdy po jeho dostatečném zvětšení ztrácí veškerou svojí „oblost“ a je vidět krystalická struktura minerálu, ze kterého se skládá a při ještě dalším zvětšení atomy etc). Fraktál má dále na první pohled velmi složitý tvar, ale je vytvořen opakovaným použitím jednoduchých pravidel.)

Sierpinského trojúhelník
Typ fraktálu, který je dvěma strukturními motivy DNA nakreslen, se jmenuje Sierpinského trojúhelník-opakující se motiv je trojúhelník(viz obrázek). O takovém krystalu není možno říct ani že je pravidelný(jako klasický krystal například křemene) nebo náhodný(jako struktura skla).


(zde si můžete vyzkoušet prohlédnout sierpinského trojúhelník s nekonečným zvětšením, budete-li dost trpěliví;))


Počítá, ale počítač to není
Určitý výpočetní výkon to rozhodně je, ale stejně jako u DNA počítače, ani v tomto případě asi nepovede aplikace k nahrazení univerzálních počítačů(žádný supervýkonný DNA počítač v každé kanceláři…spíše nikde). Takže princip DNA počítačů je možno využít například při diagnóze rakoviny a stejně tak se i tento „algoritmický“ způsob samoorganizace DNA vláken uplatní spíše například v materiálovém inženýrství. V současnosti vyráběné materiály nanotechnologickými postupy mají poměrně jednoduchou mikrostrukturu, takto by mohly dostat mnohem zajímavější, fraktální vzhled.


(stejným principem jako Sierpinského trojúhelník je vytvořena i Kochova vločka )

Zdroje: PloS Biology:

Algorithmic self-assembly of DNA sierpinski triangles
The Emergence of Complexity: Lessons from DNA
Using Biology to Create Complex Patterns

čtvrtek, září 22, 2005

Fotky digitálním foťákem + mikroskopem svépomocí

Zkoušel jsem udělat nějaké cool fotky s použitím lup: znáte to - obličej s lupou před okem atd. Od větších lup s menším zvětšením jsem postupoval ke stále menším lupám ovšem s mohutnějším zvětšením až skončil u drobné entomologické lupy(12x). A její průzor nebyl o moc širší než u plastového mikroskopu z Ukrajiny, který jsem kdysi dostal pod stromeček(pro pozorování hmyzáků byl skvělý a jeho 60násobné zvětšení úplně stačilo). Takže jsem se vykašlal na lupy a přešel na mikroskop. Nečekaně digitál Nikon Coolpix(3x optický zoom, 5MPx) zvládal zaostřit(po vychytání nastavení a hlavně osvětlení, s tím nastavením to nebylo zas tak složité - jen makro a zazoomovat tak 2 až 2,5 krát aby se mikroskopem snímaný kruh roztáhl do větší šířky displeje/fotky) po přiložení objektivu k tubusu mikroskopu(které k sobě rozměry skvěle padly- že by standardizace?;)). Osvětloval jsem zvenku lampičkou s 20 watovou zářivkou a to dvěma způsoby: u neprůhledných objektů hlavně z vrchu, u průhledných objektů klasicky průsvitem skrz onen objekt zespodu(na následujících fotkách ale žádný takový opravdu průhledný objekt není, ovšem zespodu je nasvícena končetina potápníka). V popiscích obrázků je uvedeno zvětšení 200x, což je odhad: 60ti násobné zvětšení mikroskopem krát téměř 3násobné zvětšení foťákem a navíc výsledná fotka byla v rozlišení 2592x1944(a z ní byl udělán výřez, takže zdroj dalšího zvětšení při zobrazování na monitoru).

Jestli je to alespoň zhruba správně jsem zkontroloval porovnáním skutečné velikosti oka svižníka(méně než 1mm:odhad 0,7mm) s velikostí na fotce(cca 12 cm,po resize na zhruba třetinu originální velikosti): dle tohohle tedy zoom 170x…různé fotky ale měly různě upravené rozlišení, těch 200 by tedy mělo být objektivní, ne jen machrování;)

Nafoceno je pár kousků z moji staré sbírky brouků a zelný lístek květu slunečnice.

Na dalších fotkách jsou krystalky olova: to jsem olověné potrubí(dříve běžně používané, kvůli toxicitě-ovšem nijak velké, bylo rušeno…ale spíše se už nedávalo do nových budov, vytlačené levnějším plastovým potrubím) dal do octa, nechal pár týdnů reagovat až se všechen ocet volně vypařil(no prostě nechal v garáži a zapomněl tu sklenici sledovat;)), pak zalil další dávkou octa a výsledný roztok(octanu olovnatého) nalil do zkumavky se zinkovým plíškem(ten pro změnu vykuchaný z monočlánku). Plíšek rychle narůstal do objemu tvořícími se krystaly olova.

_____________________________________________










Pb + CH3COOH => (CH3COO)2Pb
(CH3COO)2Pb + Zn => Pb + (CH3COO)2Zn